绿色和平是一个全球性的环保组织。我们的国际总部设在荷兰阿姆斯特丹，并在全球超过几十个国家和地区设有分部。这些地区分部根据全球各项目工作的计划纲要，在各地区发展与当地需要相符的项目，及筹款工作支持项目发展。
绿色和平的国际总部与各地区分部保持紧密联系，根据一套完善的咨询决策程序，统筹全球的项目策略，并监管评估各地区分部的发展与表现。各地区分部也同时将全球的项目原则与策略，因地制宜地落实在各地区的环保项目工作中。 此外，国际总部负责与没有设立绿色和平分部的地区保持联系，管理我们的船只、向各地区分部提供财政和筹款计划的协助、信息技术支持等，并保障“绿色和平”这一名称的注册登记及维权。 各绿色和平地区分部是获国际总部发出授权许可而成立的。它们必须遵守与绿色和平国际总部一同订立的运作协议，在各地发展项目，并且在项目筹划、人力资源和财政支持等各方面参与国际项目的发展。
绿色和平国际总部的其中一项主要工作，是根据经各地区分部同意的优先次序，分配绿色和平的全球资源，协调所有分部的长远发展计划。
绿色和平国际总部，是以“Stichting Greenpeace Council” (SGC)的身份，在阿姆斯特丹荷兰商会注册的非营利基金会。组织注册的条款对办公室的内部管理架构与制订决策的过程和原则有明确的规定。我们的国际总部负责保障“绿色和平”名称与标志的注册登记与正确使用，防止被第三方滥用，并产生误导和欺诈公众的行为，以保障绿色和平的项目与筹款工作的认可度和公信力。
绿色和平地区分部，是获国际总部授权而设立，并使用“绿色和平”的名义开展运作。 它们可以在各地区根据当地法律与需要，成立法人实体，秉持量入为出的原则开展包括筹款、资产管理、推行项目等工作。
绿色和平国际总部与地区分部，均须定期审核其长期财务状况，是否务实、能否配合机构的项目发展。国际总部与地区分部每年均会互相报告情况，并进行评估。 各个地区分部，必须符合该地区的财务管理需要和原则，符合当地法律和绿色和平国际总部的要求，并每年接受独立第三方的审计。 绿色和平的资金规划与绿色和平的整体需要相一致︰我们是一个国际组织，而环境问题是不分国界的。我们的财务原则也包括︰
绿色和平的国际管理架构体现高度的国际化与协作。作为制定及落实机构政策的基准，绿色和平的管理架构经全体地区分部代表同意，并清楚注明于各政策与程序中。 绿色和平国际总部（正式注册名称为“Stichting Greenpeace Council”）负责协调绿色和平的全球性政策与策略，共有约175名员工，大部分驻阿姆斯特丹。国际总部在绿色和平的作用包括：
绿色和平东亚分部（其正式中文注册名称为“绿色和平”，英文名称为‘Greenpeace East Asia’）是绿色和平的一个地区分部，获国际绿色和平授权许可，在中国、韩国、日本等多地以“绿色和平”名义进行环保项目工作。
东亚总干事负责统率高级管理团队，管理机构的日常事务，并代表东亚分布参与绿色和平全球总干事会议和其他国际会议，决定绿色和平的全球行动方向。 绿色和平的管理团队包括总干事、项目总监、财务总监、筹款及公众参与总监和行政与区域发展总监，负责专属范围下的日常运作。我们专注于透过各项目领域、科学与研究、公众参与、非暴力直接行动、政治及企业参与为环境带来改变。筹款部门负责街头筹款，招募月捐会员、会员服务、网络筹款和市务推广。财务部门负责财务的规划和管理，确保我们的财务管理符合监管要求，以及我们的捐款用得其所。行政与区域发展部负责人事管理、法律、信息科技、设施管理、统筹设立新地区办公室等。
绿色和平东亚分部在北京设立办公室以管理在中国大陆的项目工作事宜。北京办公室成立于2001年5月，2002年开始全面开展环境保护工作；拥有大约80名员工，在气候变化、能源转型、生物多样性、海洋保护、绿色生活等多个领域开展环境保护项目。
绿色和平东亚分部设立中国首席代表职位，直接汇报给东亚总干事，全权负责绿色和平在中国大陆的合法运作、依法注册和项目战略制定。目前北京办公室的项目、人事行政、财务等部门负责人在中国首席代表领导下，成为绿色和平在中国大陆工作的管理团队。